В общем на Ubuntu скомпилили, открываем пост и компилим теперь под Windows.

UPDT1: Обновлено для Qt 5.12.2 и Raspbian 2018-11-13 Stretch для Raspberry PI3 Model B+

1. Качаем актуальную версию Raspbian и с помощью WinFLASHTool  пишем её на сд карточку.

2. Так же.

3.

В дальнейшем везде будет подразумеваться х86 версия.

Качаем msys2, ставим в папку C:\SysGCC\msys2\

Качаем MinGW (у меня 730), распаковываем  в папку C:\SysGCC\mingw32 с соблюдением структуры.

Качаем Perl.

Запускаем C:\SysGCC\mingw32.exe,

pacman -Syu #попросит закрыть - закрываем, запускаем вновь и прописываем далее: 
pacman -Su 
pacman -S openssh 
pacman -S rsync
pacman -S make 
pacman -S python
pacman -S python2
pacman -S wget
pacman -S patch
pacman -S pkg-config 
pacman -S diffutils
pacman -S git

и остальное прописываем так же

4.  Качаем тулчейн и ставим в C:\SysGCC\Raspberry

5. Запускаем C:\SysGCC\Raspberry\TOOLS\UpdateSysroot.bat, нажимаем select, подключаемся к малине (пользователь «pi» пароль «raspberry») и в список синхронизации дописываем

/opt/vc/

6. Пропускаем, за нас это сделал шаг 5.

7.

cd /c/SysGCC/Raspberry
git clone git://code.qt.io/qt/qt5.git QtSources
cd QtSources
PATH=/c/Strawberry/perl/bin:$PATH
perl init-repository
git checkout 5.12 # Если нужно 5.9, то проверял с 5.9.1
git submodule update --recursive

BASEPATH=/c/SysGCC/Raspberry
PATH=$PATH:/c/SysGCC/Raspberry/bin
PATH=$PATH:/c/SysGCC/mingw32/bin
./configure -skip wayland -skip script -skip webengine -no-pch -no-kms -no-xcb -no-use-gold-linker -nomake tests -nomake examples -reduce-exports -eglfs  -release -opengl es2 -device linux-rasp-pi3-vc4-g++ -device-option CROSS_COMPILE=$BASEPATH/bin/arm-linux-gnueabihf- -sysroot $BASEPATH/arm-linux-gnueabihf/sysroot -opensource -confirm-license -platform win32-g++ -make libs -prefix $BASEPATH/qt5pi -extprefix $BASEPATH/qt5pi -hostprefix $BASEPATH/qt5 -v
make -j 4
make install

Здесь компилится для Raspberry Pi 3B+, для 1 и 2 в посте под Linux.

Если будет проблема с путями, к примеру «../../../../../../../../../../../../Raspberry/»  , то Perl должен быть скачан именно по ссылке выше и в PATH идти первее всех. Ну и очищаем и заново запускаем конфигурацию.

8. так же

9. так же

10. так же

11. так же

12. так же

12.1. так же

12.2. Путь: C:\SysGCC\Raspberry\bin\arm-linux-gnueabihf-g++
ABI: arm-linux-generic-elf-32bit

12.3. Путь C:\SysGCC\Raspberry\bin\arm-linux-gnueabihf-gdb          

12.4.  Для qmake путь C:\SysGCC\Raspberry\qt5\bin\qmake.exe

12.5. так же

14. так же

15. ????

16. PROFIT!