Понадобилось мне как-то у домена сделать алиас на совсем другую директорию, которая была вне root, помучался немного и вот что получилось:

Прописываем в секции server {}:

location /bareos-webui/ {
    alias /usr/share/bareos-webui/public/;
    autoindex on;
    try_files $uri $uri/ /bareos-webui//bareos-webui//index.php?$query_string;
    location ~ \.php$ {
        fastcgi_split_path_info ^(.+?\.php)(/.*)?$;
        fastcgi_pass unix:/run/php/php7.0-fpm.sock;
        fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $request_filename;
        fastcgi_index index.php;
        include fastcgi_params;
    }
}

Вся проблема оказалась в том, что как-то странно работает try_files вместе с alias…, т.е. нужно два раза повторить адрес из location.

Угробил бля 3 часа на эксперименты… Видимо баг самого NGINX.